از اوایل بهمن ۱۳۵۷، این مسأله مهم و حیاتی برای فرماندهان نیروهای مسلح مطرح بود که آیت الله خمینی چگونه و تحت چه شرایطی می تواند وارد کشور شود. نظریه مقامات نظامی در این مورد متفاوت بود؛ ارتشبد قره باغی تأکید داشت که بازگشت آیت الله به ایران منوط به ابراز وفاداری نسبت به دولت قانونی است، موضوعی که به هیچ وجه مورد قبول آیت الله خمینی نبود.
او کل رژیم سلطنتی را غیرقانونی می دانست و علیه آن قیام کرده بود. چند تن از ژنرال ها مصرانه تغییر دولت بختیار را از طریق اصلاح قانون اساسی امکان پذیر می دانستند. سرانجام طرح بازگشت آیت الله خمینی در ۶ بهمن در مذاکراتی که بین ارتشبد قره باغی و سپهبد ناصر مقدم رئیس ساواک از یک طرف و مهندس بازرگان و دکتر یدالله سحابی از سوی دیگر به عمل آمد، به نتیجه رسید و راه ورود آیت الله به کشور هموار شد.
روز ۱۲ بهمن امام خمینی پس از ۱۴ سال و چند ماه تبعید، با هواپیمای شرکت هواپیمایی فرانسه ایرفرانس عازم ایران گردید. در فرودگاه پاریس، امام به چند سؤال خبرنگاران خارجی پاسخ گفت. در مورد ارتش، ضمن تأیید تماس هایی که در تهران با ارتش بوده است گفت: ما از ارتش می خواهیم که هرچه زودتر به ما متصل شود، ما می خواهیم ارتش مستقل باشد و از قید اجانب خارج شود، آزاد شود. آنها فرزندان ما هستند. ما به آنها محبت داریم… ارتش باید از دولت غصب کنار برود، تا مردم تکلیفشان را با او معین کنند.
شانزده روز پیش محمدرضا شاه، طی مراسم غیررسمی، شتابزده و با چشمان گریان تهران را ترک کرده بود و اکنون آیت الله خمینی با حضور و محتملاً تهدید ارتش نیم میلیون نفری رژیم، همراه با چند تن همراهانش به تهران بازمی گشت. صدها هزار تن از او استقبال کردند. مردم در مسیر عبور او، از فرودگاه مهرآباد تا بهشت زهرا و از آنجا تا محل اقامتش، مدرسه رفاه به تظاهرات پرداختند و شعار «دیو چو بیرون رود، فرشته درآید» سر دادند.
مراسم ورود آیت الله به طور زنده از رادیو و تلویزیون سراسری پخش شد. با ورود امام، ارتش ظاهراً خود را کنار کشیده بود، اما هنوز، موضع خود را در برابر رهبر انقلاب مشخص و اعلام نکرده بود. آیت الله خمینی ضمن بیاناتی در بهشت زهرا، با تأکید بر حاکمیت و نقش مردم در تعیین سرنوشت خود، مجلس شورای ملی و دولت بختیار را غیرقانونی دانست.
در مورد نیروهای مسلح خطاب به ارتش و افسران گفت: می خواهیم که ارتش ما مستقل باشد. آقای ارتشبد؛ شما نمی خواهید که مستقل باشید؟… من به شما نصیحت می کنم که بیایید در آغوش ملت؛ همان که ملت می گوید بگویید ما باید مستقل باشیم… رها بکنید این را؛ خیال نکنید اگر رها کردید، ما می آییم شما را به دار می زنیم!
یک روز پس از بازگشت آیت الله خمینی، ژنرال هایزر فرستاده رئیس جمهوری آمریکا به تهران، با ارتشبد قره باغی، رئیس ستاد مشترک ملاقات کرد. قره باغی به هایزر گفت: ارتش از بختیار حمایت می کند و دستوراتش را اجرا خواهد نمود و افزود: اگر بختیار در مذاکراتش با امام خمینی به سازش برسند، ارتش برای رفع بن بست موجود و تأمین صلح و آرامش، از بختیار پشتیبانی می کند، ولی اگر آیت الله خمینی از مذاکره برای حصول تفاهم امتناع نماید و در صدد تعیین یک دولت رقیب برآید، ارتش در حمایت از دولت بختیار و جلوگیری از سقوط آن، موضع دفاعی خواهد گرفت.
گفتنی است که به رغم اظهارات ضد و نقیض ارتشبد قره باغی، ارتش تا روز ۲۲ بهمن یعنی شش روز پس از خارج شدن ژنرال هایزر از تهران، ظاهراً از بختیار پشتیبانی می کرد، ژنرال هایزر در روزهای پایانی مأموریتش با اطلاع از مذاکرات سیاسی بین بختیار و چند تن از ژنرال های ارتش ایران با سران انقلابیون، نسبت به چگونگی این مذاکرات در زمینه انتقال وفاداری ارتش به انقلابیون ظنین شده بود.
آیت الله خمینی در ۱۶ بهمن، چهار روز پس از بازگشت پیروزمندانه اش به ایران، مهندس بازرگان را به نخست وزیری دولت موقت منصوب کرد. همان روز دکتر بختیار قرارداد ۷ میلیارد دلاری فروش جنگ افزارهای آمریکایی را که شامل دو رزمناو و حدود ۱۰۰۰ قبضه موشک های مدرن مختلف هوابه هوا، زمین به زمین و هشت فروند هواپیمای هشدار دهنده و ۱۷۰ فروند هواپیمای جت جنگنده فسخ کرد. این اقدام بختیار، آن هم یک هفته پیش از سقوط رژیم شاه بـه خواست دولت ایالات متحده آمریکا بود و صدها میلیون دلار به زبان ایران تمام شد.
