ایشان (آیت الله العظمی موسوی اردبیلی) از جمله کسانی بودند که به رهبری مقام معظّم رهبری رأی دادند. در آن جلسه، ابتدا شورای رهبری با عضویت آقایان: موسوی اردبیلی، خامنهای و هاشمی پیشنهاد شد که رأی نیاورد؛ باز شورایی بودن رهبری با عضویت همین آقایان به اضافۀ آقای سیّد احمد خمینی و یک فرد دیگر پیشنهاد شد که آن هم رأی نیاورد؛ تا اینکه آقای هاشمی رفسنجانی خاطرۀ معروف خود را برای حاضران نقل کرد.
ایشان گفتند: بنده همراه آقایان، موسوی اردبیلی، میرحسین موسوی و چند نفر دیگر محضر امام بودیم که صحبت از جانشینی ایشان شد و امام فرمودند: بهترین فرد برای رهبری، همین آقای سیّد علی خامنهای است. نقل این خاطره، حال و هوای مجلس را عوض کرد و همۀ آقایان غیر از دو نفر، به آقای خامنهای رأی دادند؛ از جمله آقای موسوی اردبیلی که هنوز ایستادن ایشان برای رأی دادن به آقای خامنهای، در برابر چشمانم است. خود آقای خامنهای ابتدا قبول نمیکرد؛ تا اینکه برخی از آقایان مثل مرحوم آذری قمی گفتند که شما باید بپذیرید!
