بازجویی از متهمین کودتای نوژه آغاز شد، اکثر قریب به اتفاق دستگیر شدگان در همان برخوردهای اولیه اظهار ندامت کردند و اطلاعات خود را بازگو کردند، اما تا آنجا که به خاطر دارم، دو نفر مقاومت کردند: یکی تیمسار محققی و دیگر تیمسار مهدیون بود.
محققی نیز پس از گفتگوی این جانب با وی و مواجهه با شماری از دستگیر شدگان احساس کرد نمی تواند موضوع را کتمان کند، لذا قرآن خواست و به قرآن سوگند خورد که آن چه می داند بگوید و گفت. راجع به مهدیون اطلاع زیادی ندارم، چون مرحوم ربانی املشی که در آن تاریخ دادستان کل کشور بود، مسئولیت پرونده ی وی را به عهده گرفت و من دخالتی نکردم.
پرونده‌ی کودتاچیان با سرعت آماده ی محاکمه شد، فضای عمومی جامعه نیز به شدت در انتظار محاکمه‌ی آنان بود، محاکمه ی بخشی از متهمین در دادگاه انقلاب اسلامی ارتش و بخشی در دادگاه انقلاب اسلامی مرکز آغاز شد، اما پس از مدت کوتاهی، دادستانی کل انقلاب، محاکمه‌ی همه‌ی کودتاچیان اهم از نظامی و غیرنظامی را به دادگاه‌های انقلاب ارتش واگذار کرد.
خاطرات رسیدگی به اتهامات کودتاچیان جملگی در حقیقت تلخ است. هر چند کسانی که برای خدمت به بیگانگان به ملت و انقلاب اسلامی خیانت کرده‌اند باید کیفر خیانت خود را ببینند تا دیگران عبرت بگیرند، اما ضرورت مجازات از تلخی آن نمی‌کاهد.
تنها خاطره‌ی شیرینی که در جریان رسیدگی به اتهامات کودتاچیان به یاد دارم این بود که ضمن رسیدگی قضایی به پرونده‌ی شماری از متهمین، به این نتیجه رسیدم که هر چند آنان در توطئه‌ی کودتا نقش داشته اند و باید به اشد مجازات که اعدام است، محکوم شوند، اما در یک بررسی عمیق و همه جانبه می‌توان راهـی بـرای تخفیف مجازات و حتی عدم مجازات آنان پیدا کرد؛ زیرا احساس می شد آنان واقعاً اغـفال شده اند و در حقیقت پشیمان هستند.
به خاطر دارم که یکی از آنان کـه خلبان نیروی هوایی بود در دادگاه به شدت اظهار ندامت می کرد و ضمن اعتراف به جرم خود می گفت: مرا این جا مجازات نکنید، مرا به هواپیما ببندید و در آن مواد منفجره بگذارید و هر جا که می‌خواهید در عراق منفجر کنید.
و اصرار داشت که اگر مجازات او اعدام است به او اجازه ی عملیات انتحاری در جبهه داده شود. باری این جانب پس از ملاحظه ی دقیق پرونده و شرایط روانی شماری از عوامل کودتا به این نتیجه رسیدم که مجازات آنان نه تنها ضرورتی ندارد، بلکه به دلیل اینکه متنبه و متحول شده‌اند آزاد کردنشان خطری ندارد و حتی می‌توانند مجدداً در خدمت ارتش به کار گرفته شوند و بنابراین می‌توانند مشمول رأفت و رحمت اسلامی قرار گیرند.
با این نگاه، خدمت امام خمینی رضوان الله تعالی علیه رسیدم و تحلیل خود را در رابطه با عفو و آزادسازی شماری از کودتاچیان عرض کردم. امام با دو شرط با پیشنهاد این جانب موافقت کردند: یکی احراز اغفال شدن آنان و دیگر اطمینان از عدم خیانت آنان در فضای جنگ با عراق.
خاطره‌ی شیرین من از ماجرای کودتای نوژه این بود که با پیشنهاد من و موافقت حضرت امام، جمعی از کودتاچیان نادم آزاد شدند و به ارتش پیوستند و شماری حسن عاقبت یافتند و در جبهه‌ی نبرد با ارتش متجاور صدام به شهادت رسیدند.
