استعفای مهندس موسوی در سال ۶۷ به این علت بود که کارهایی در عراق، سوریه و لبنان بدون اطلاع ایشان انجام می شد. مهندس موسوی در نامه ای به رییس جمهور نوشت که با توجه به کارهایی که در خارج از کشور انجام می شود، ادامه خدمت را برای من ناممکن کرده است. ایشان در نامه ای سرگشاده دلیل استعفای خود را مشکل تکمیل کابینه در مجلس و نیز این که با توجه به مشکلات، آقای زنجانی مسئول سازمان برنامه و بودجه استعفا داده است، ذکر کرده بود.
آیت الله خامنه ای در جواب با این مضمون نوشته بودند که الان چه وقت استعفاست، جنگ تمام شده و مذاکرات ژنو در جریان است، شما نباید اینطور استعفا دهید و این استعفا خیانت غیر عمد تلقی می شود. اما مهندس موسوی نبود که این نامه به ایشان داده شود.
از طرف آیت الله خامنه ای با امام تماس گرفته شد، امام نامه ای به مهندس موسوی نوشتند که الان چه وقت استعفاست، مردم جوان هایشان را در جنگ از دست می دهند، شهید می دهند، ما باید به اینها خدمت کنیم، شما دارید این طور برخورد می کنید. نامه ی تندی بود و در این نامه تعزیرات حکومتی را از مهندس موسوی گرفتند.
زمانی که مهندس موسوی نامه ی امام را دید گفت که من تابع امر شما هستم و هرچه شما بگویید عمل می‌کنم. برگشت و کار را ادامه داد. دو سه ماه گذشت، امام در نامه ای به مهندس موسوی با این مضمون نوشتند که از کار شما راضی هستم و شما آدم مومن و متدینی هستی و مسئولیت بنیاد جانبازان را نیز به ایشان سپردند.
ناهماهنگی نخست وزیر و رئیس جمهور در واقع ناهماهنگی دو شخص نبود، ناهماهنگی دو نهاد بود. رییس جمهور مستقیم با رای مردم انتخاب می شد و طبیعتا در مقابل مردم پاسخگو بود. اما در عین حال مسئول مستقیم کارهای اجرایی در کشور نبود. از طرف دیگر نخست وزیر از مجلس رأی اعتماد گرفته و مسئول تمام کارهای اجرایی بود و باید پاسخگوی مجلس باشد. و از آن جا که به ندرت پیدا می شود که دو نفر هم از لحاظ فکری و هم از لحاظ اجرایی شبیه هم باشند، ناهماهنگی بدیهی است.
