با شهید آیت‌الله بهشتی ارتباط صمیمی داشتم. قبل از پیروزی انقلاب گاهی که به نجف می‌آمد، به منزل ما تشریف می‌آورد. ایشان مرا تشویق کرد که در رابطه با طهارت اهل کتاب، به خصوص مسیحیان، تحقیق کنم.
یک بار به ایشان گفتم: آقا، من اگر بخواهم در این باره تحقیق کنم و نظر بدهم، خیلی‌ها مرا تکفیر می‌کنند.
به من گفت: اصلا این طور نیست. اگر نظرات و دیدگاه‌هایت را به صورت علمی و استدلالی مطرح کنی، اهل علم هم با شیوه استدلالی و منطقی با آنها برخورد می‌کنند.
آیت‌الله بهشتی چون مدتی در آلمان بود و با اهل کتاب نشست و برخاست داشت و با آنها ربط می‌گرفت، نظرات و دیدگاه‌های متفاوتی با دیگر علما داشت. با این حال وقتی جزوه‌ای در رابطه با اهل کتاب نوشتم، سروصدایی در محافل حوزوی ایجاد شد. طرفداران و مقلدان آیت‌الله حکیم سروصدا کردند. نزد آیت‌الله حکیم رفتم.
ایشان پرسیدند: این مطالبی که عنوان کردی، به نام خودت است؟ و به دیگران که نسبت نداده‌ای؟
گفتم: بله.
فرمود: اگر چنین است اشکالی ندارد منتشر بشود.
چند ماه پس از انتشار کتابم، شهید صدر و چند تن از علمای نجف نظراتم را قبول کردند و اعلام فرمودند که اهل کتاب نجس نیستند. در زمان فعلی هم حتی یک مرجع تقلیدی که بگوید اهل کتاب نجس هستند، نداریم.
اساس کار را خودم در نجف انجام دادم. وقتی کتابم چاپ و منتشر شد، بعضی از حوزویان موضع منفی گرفتند. اما مراجع تقلید تا حدودی از من حمایت کردند. به هر حال این مسئله که اهل کتاب و مسیحیان پاک هستند، در فضای آن روزگار نجف به نوعی تابوشکنی بود. این کار را با پیشنهاد شهید آیت‌الله بهشتی انجام دادم و الحق پیشنهاد سازنده و به جایی از طرف ایشان بود.
خدا را از این بابت شاکرم که در آن فضای نجف توانستم این مسائل را مطرح کنم از جمله طهارت اهل کتاب. فضای آن زمان به قدری بسته بود که ممکن بود کسی که این نظرات را مطرح کند، او را بکشند. پس از آن رفته رفته مراجع تقلید نجف و قم این فتوا را صادر کردند که اهل کتاب نجس نیستند.
یک روز در منزل مرحوم آیت‌الله آقا میرزا هاشم آملی در محضرشان بودم ایامی بود که مقاله طهارت ذاتی مطلق انسان را نوشته بودم و در مجله «کیهان اندیشه» چاپ شده بود. با ایشان در این مورد بحث می‌کردیم، چند نفر دیگر هم حضور داشتند،
یک طلبه جوان به من گفت: آقا شما همان آقای جناتی هستید؟
گفتم: بله.
گفت: یعنی شما می‌گویید که گورباچف پاک است؟
آن ایام گورباچف رهبر شوروی بود. گفتم: بله ما علاوه بر طهارت اهل کتابی، طهارت مطلق انسان را تحقیق کردیم و به این نتیجه رسیدیم.
آن طلبه در حضور آقای آملی شروع به پرخاش کردن کرد. مرحوم آقای میرزا هاشم او را آرام کردند و خطاب به من فرمودند: آقا شما ببخشید، ایشان سوابق علمی شما را در نجف و قم نمی‌دانند. بعد ایشان در همین جلسه از من خواستند که در مورد ازدواج دائم با اهل کتاب هم کار کنم.
بعد از پیروزی انقلاب از طرف خود آیت‌الله بهشتی به من پیشنهادهایی شد که مقام و منصبی در دستگاه قضا بگیرم، اما نپذیرفتم. البته به نظام اسلامی ارادت داشته و داریم اما پرداختن به مسائل علمی را به کارهای اجرایی ترجیح دادم. کتاب همبستگی ادیان و مذاهب را وقتی نوشتم که حضرت امام خمینی مسأله وحدت مذاهب را مطرح کردند.
در کتاب منابع اجتهاد در مذاهب اسلامی هم این مسأله را ذکر کرده‌ام که به وجود آمدن مذاهب اسلامی از باب عداوت و کینه نبوده بلکه روش اجتهادشان فرق دارد؛ هر کدام از مذاهب بر اساس آنچه به باورشان رسیده، روش اجتهادی خاصی برای دریافت احکام اسلامی و عمل به آنها دارند.
در واقع امام و سخنان ایشان باعث شد که من کتاب همبستگی ادیان و مذاهب و همچنین کتاب منابع اجتهاد در مذاهب اسلامی را بنویسم. حدود بیست و سه مذهب را تحقیق کرده‌ام و در آثارم آورده‌ام.
